Unmittelbar nach der Ermordung Estemirovas im Juli 2009 hatte Russlands Präsident Medvedev eine «rasche und umfassende Aufklärung» versprochen. Zwei Jahre später kann davon keine Rede sein.
In den ersten Monaten verfolgten die Ermittler eine Spur zu den «Siloviki», d.h. den Tschetscheninens Präsident Kadyrov unterstellten Spezialeinheiten, über deren brutale Übergriffe auf die Zivillbevölkerung Estemirova berichtete. Aktuell recherchierte sie über eine öffentliche Hinrichtung in Akhkinchu-Borza. Motiv könnten Rache oder die Ausschaltung einer allzu kritischen Menschenrechtsverteidigerin gewesen sein. Kadyrov selbst hatte Estemirovas Arbeit mehrfach kritisiert und ihr gedroht, weiter über Menschenrechtsverletzungen zu forschen. Ohne eine DNA-Analyse der Mitglieder einer besonders verdächtigen Spezialeinheit vorzunehmen, wurde diese Version im Januar 2010 fallen gelassen.
Stattdessen nahmen die Ermittler jetzt «Bojeviki» in den Blick, d,.h. tschetschenische Untergrundkämüfer, die sich im Wald verstecken. Estemirova hatte über das Dorf Shalazhi berichtet, aus dem auffallend viele Männer, nach schwersten Misshandlungen durch Siloviki und Milizionäre, in den Untergrund gegangen waren. Als mutmaßlicher Mörder geriet Alkhazur Bashajev in den Fokus, der jedoch bei einer Spezialoperation gegen Bojeviki am 13. November 2009 getötet worden sein soll. Als Motiv wird Diskreditierung der tschetschenischen politischen Ordnung, in der für die Sicherheit von Menschenrechtsaktivisten nicht gesorgt werde, genannt — zynisch angesichts der realen Bedrohung.
